El Sevilla Atlético Club nació el 1 de marzo de 1950 con la denominación de "Club Deportivo Puerto", un club administrado por la Junta de Obras del Puerto de Sevilla, siendo uno de los muchos clubes que existían en la ciudad de Sevilla, como el "Recreativo Su Eminencia", el "Triana CF" o el "Calavera CF". Jugaban de locales en el Campo de la Reina Victoria y su equipación consistía en una camiseta de color amarillo, con una franja ancha horizontal azul marino (algunas fuentes hablan de negro), y calzonas del mismo color que la franja.
Tras varias reuniones de las directivas del club portuario con las del Sevilla FC en 1958, el CD Puerto pasaría a ser incorporado en el club sevillista como primer filial, conservando en principio su denominación, su nombre y sus emblemas.
La directiva sevillista se plantea, unos años más tarde, si desvincular al club o incorporarlo de forma definitiva a su estructura. Finalmente deciden lo segundo, y tras barajar varios nombres como el "Club Deportivo Sevilla", el "Híspalis CF" o el "Deportivo Giralda", el CD Puerto pasa a cambiar su nombre y su escudo, denominándose "Sevilla Atlético Club" el 1 de agosto de 1960. También cambió su indumentaria, que consiste en una camiseta blanca con una franja diagonal en rojo y pantalón negro.
En el año 2000, y de la mano del presidente del Sevilla FC, Roberto Alés y del director deportivo del club, Ramón Rodríguez Verdejo (Monchi), toma las riendas del filial hispalense Manolo Jiménez, logrando el ascenso a Segunda División B de forma brillante arrasando en el Grupo X de Tercera División. En esta primera temporada cuenta con jugadores de la talla de Reyes y Antoñito. Posteriormente se conseguiría alcanzar, entre los años 2004 y 2007 cuatro clasificaciones consecutivas para disputar la liguilla de ascenso a Segunda División, dos de ellos como campeón del Grupo IV de Segunda División B. El 24 de junio de 2007, en su cuarto intento consecutivo, consigue el segundo ascenso a Segunda División de la historia del filial sevillista, gracias a la victoria conseguida en la prórroga frente al Burgos CF por 1-0 con gol de Manuel Ortiz Toribio(Lolo) en la eliminatoria final por el ascenso.
Tras la disputa de la 9ª jornada, y tras la victoria ante el Elche CF por 2-1 que ubicaba al filial sevillista en la 4ª posición clasificatoria, Manolo Jiménez abandona el Sevilla Atlético Club para dirigir al primer equipo, el cual se encontraba en una situación muy delicada tras la marcha de Juande Ramos al Tottenham Hotspur. El Sevilla Atlético Club es dirigido en la 10ª jornada por Juan Calderón de forma transitoria hasta que Femín Galeote, técnico del Sevilla C, tome las riendas del Sevilla Atlético Club. De la mano de Femín Galeote el Sevilla Atlético Club realiza una buena temporada, finalizando 9º clasificado de la Liga Adelante, con 56 puntos, alcanzando la permanencia en la Segunda División, por primera vez en la historia del filial sevillista, con solvencia.
En la temporada 2008-2009 termina último al conseguir sólo 2 victorias contra Real Sociedad (1-0 golazo del finlandés Teemu Pukki) y Girona FC y 11 empates, lo que le hace volver a Segunda División B.
Fue precisamente en esta temporada, y coincidiendo con el descenso del Real Zaragoza a Segunda División, cuando se produjo el primer enfrentamiento entre el filial sevillista y el conjunto aragonés. Así, el 18 de octubre de 2008 el Sevilla Atlético recibió en el Estadio Ramón Sánchez Pizjuán al Real Zaragoza, un partido en el que se impusieron claramente los aragoneses, dirigidos por Marcelino García Toral, por 0-4. El Zaragoza fue muy superior a un filial de jóvenes promesas inexpertas, que pese a todo no se entregó nunca y luchó con nobleza. Tal vez el equipo aragonés se vio un poco sorprendido por la valentía del Sevilla Atlético, que salió a jugar de tú a tú, sin ningún complejo por el hombre del rival. El Real Zaragoza, por mediación del brasileño Ricardo Oliveira, marcó en la primera ocasión que tuvo a los 22 minutos de partido, una ventaja que amplió Gabi nueve minutos más tarde con un fuerte disparo. Nada más comenzar la segunda parte, Arizmendi remató a las mallas un buen centro desde la parte derecha y cuando iba transcurrida media hora del segundo acto, de nuevo Oliveira anotaba el 0-4 definitivo con un fuerte disparo que se coló por la escuadra. El portero zaragocista López Vallejo también fue protagonista al detener un penalti que hubiera supuesto el 1-2. El Zaragoza formó ese día con: López Vallejo; Pignol, Pulido, Pavón, Paredes, Jorge López (Songo´o 69'), Zapater, Gabi (Hidalgo 46'), Arizmendi, Braulio (Caffa 61') y Oliveira.